市社科联内设3个职能部门

（一）办公室。负责市社科联机关有关综合协调工作；负责重大活动、重要会议的组织安排；负责日常文秘、文书、档案、机要、信访、信息等工作；负责机关财务、资产、安全等工作；负责机关机构编制、组织人事等工作；负责机关的党群工作；负责离退休干部工作。

（二）学会部（科普部）。负责市级社科学术社团的成立、变更、年检等前置审查和所属社团的业务指导工作；指导和协调所属社团开展学术活动、课题研究；收集社团工作动态；负责社团党建工作；组织社团教育培训；配合整治社团各类违法行为；负责全市社会科学普及工作；负责市社会科学普及工作联席会议日常工作；开展社会科学普及交流与合作；指导和协调市级社科学术社团、县（市、区）社科联的社科普及和咨询活动；组织全市社会科学普及人才培训。

（三）科研部（决策咨询部）。协调指导全市社会科学界开展课题研究；组织开展社会科学研究学术交流和协作；负责社科成果展示、推介和转化；负责全市哲学社会科学优秀成果评奖工作；编辑、出版、发行《江海纵横》；编撰《社科专报》《南通发展研究报告》等决策咨询类报告。